2004年，面对郎顾之争，在国内经济学家“集体失语”的情况下，他站了出来，直面郎咸平，抨击他对国企改革的言论，这次“单刀赴会”让他声誉渐起。
2006年，资本市场上国企备受追捧，关于国企崛起的话题层出不穷，他却抛出一个观点：国企盈利并非全是改革之功。
2007年12月，国资委颁布新规定，国企需分三种类型向国家分红，资源类企业分红比例10%，公众拍手叫好的时候，他却提出质疑：这样做不妥当。
作为国务院发展研究中心的研究员，在外人眼里，张文魁有些特立独行。他的坚持己见，他的勇于挑战都让人印象深刻。
质疑一：“为某些人说话”
有人甚至惊呼顾雏军的倒掉“是草民的胜利”，更是张文魁等人的耻辱。
2004年8月，在香港学者郎咸平教授发表《格林柯尔在“国退民进”的盛宴中狂欢》演讲的时候，张文魁并没有闲着。凭借多年来对国企改革和对科龙公司十几年的跟踪调研，他写出了题为《科龙20年发展经验与中国企业改革路径》的调研报告。
但是他没有想到，这篇报告使他卷入了一场空前激烈的批判浪潮当中。在“郎顾之争”中同时被批判的，还有北京大学张维迎教授和周其仁教授。
在一场后来被称为“单刀赴会”的论坛上，针对郎咸平提出由于存在严重的国资贱卖问题，因而国企产权改革应该停止的观点，张文魁明确表示反对。张文魁首先承认国资存在贱卖问题，但是认为这些问题在很大程度上可以并正在被逐步克服。
“只要国企改革实行公开性、竞争性的国资交易程序，国有资产流失是可以有效避免的”。张文魁强调产权改革不是拍脑袋拍出来的，而是经过20年改革总结出来的经验，必须坚定不移地走下去。
但现场和随后的网上讨论，不少人措辞激烈地批判张文魁“为某些人说话”，并且“上纲上线”。2005年7月，当科龙掌门人顾雏军最终被拘之后，批判张文魁等人的声浪更是一波高过一波，有人甚至惊呼顾雏军的倒掉“是草民的胜利”，更是张文魁等人的耻辱。
当年10月，张文魁发表文章《从科龙事件看民营企业》，重申民营企业应该从科龙事件中吸取教训，在重视发展的同时，也要重视公司治理。即从“发展为王”转变为“发展为王”与“治理为本”并重。同时强调，国企产权改革存在问题，MBO存在模糊地带，但是，“不能把孩子和脏水一起泼掉”。
质疑二：资源型企业分红比例
中国进入了重化工业高峰期，正是这个时代的特点，促成了国企的繁荣发展。
近两年的沉寂之后。2007年底，北京市国资委举办的一场论坛上，张文魁又一次语出惊人。针对中移动和中石化、中国铝业在资本市场上备受追捧的情况，张文魁提出，国企确实进入了一个黄金时代，但是这种黄金时代的到来，有多少是国有企业改革带来的？
在接受《英才》记者采访时，张文魁详细阐释了自己的观点。“也许我们过高估计了国企改革的成就，国企之所以在近年来盈利状况良好，摆脱了上世纪末的窘境，其中固然有国家针对一系列问题采取的改革措施。但更为重要的是，中国进入了重化工业高峰期。而正是这个时代的特点，也促成了国企的繁荣发展。”
通过对比欧美等国家的发展历程，张文魁发现，在经过了轻工业近20年发展之后，中国在21世纪初开始进入重化工业时代。以能源、钢铁、化工、汽车等为代表的行业迅速崛起，而在这些行业里，非国有企业的进入是有限制的，国企就占有明显的垄断优势。同时，由于全球化和中国加入WTO的机遇，经济呈现出景气的发展指数。但是张文魁忧心的是，这种繁荣能持续多久？真的是国企改革的效果彰显了吗？
与一些“偏执”的经济学者不同，张文魁承认国企之所以做得好，重组上市也起了非常重要的作用。“从上世纪90年代末开始，国企开始了改革脱困的三年攻坚战。在这个过程中，国家投入了大量资金，一方面减轻国企负债，四大国有资产管理公司剥离了5000亿元的债务，银行内部也核销了许多呆坏账；另一方面，增加对国企技术改造的投入。对于设备工艺非常落后的国企，实行国家贷款贴息。但国企不应该只停留在过去改革的功绩簿上睡大觉，还应该继续深化改革。否则，国企的盈利和效益不可能长久。”
对国有企业的长期深入研究，让张文魁对许多国企问题有着独到的见解和观点。
2007年12月，财政部和国资委发布《中央企业国有资本收益收取管理办法》，其中规定，中央企业红利上交分三类，烟草、石油石化、电力、电信、煤炭等具有“资源型”特征的企业，上交比例最高，为10%。张文魁认为“资源型”企业的分法并不准确，而且笼统地收10%的红利也并不妥当。
对电力行业有过深入研究的张文魁，认为无论是电网企业还是发电企业，都是消耗资源的企业而不是资源型企业。这种分法的不准确，会在以后的执行中产生问题。另外，石油、石化、煤炭等真正的资源型企业，应该根据企业所处的发展周期、阶段来确定分红比例。如果是处于资本支出大规模增加的阶段，不适合于提高分红比例，相反应该减少分红甚至是不分红；如果是处于资本性支出规模减少的阶段，就可以多分红。
质疑三：一些观点不时被批判甚至被谩骂
许多经济学家有一种奏折情结，希望自己的观点能够被当政者采纳。但现在已经不是奏折时代了。
虽然一些观点不时被批判，甚至被网友谩骂，但张文魁依然坚持着自己的观点，只是有时候也很无奈，“网友不理解，咱就不说了。”
为什么现在越来越多的经济学家，时常会被推到舆论争议的风口浪尖？张文魁分析认为，这跟经济学者自身的做法很有关系。“许多经济学家有一种情结——奏折情结，希望自己的观点能够被当政者采纳。但现在已经不是奏折时代了。社会进步了，在社会科学领域，民主化和多元化的环境声音日显，学者的观点也只是一方观点而已，当政者不能只采纳某一个人的意见。”
“（经济学者）大可不必总是觉得自己是正确的。”张文魁认为，“作为学者，关键的是说真话。”不管是从职业道德还是学术道德来讲，学者都应该是在学术基础上保持说真话的特性。即便是很难保持绝对或者完全的独立，也要在职业道德和学术道德的基础上，运用自己的专业知识，通过合适的渠道与合适的方式建言。但他同时强调，“观点不被接纳也很正常。”抱着怀才不遇的观点，很容易发生偏颇的想法。
对话
《英才》：你会关注网上对你观点的评论吗，自己会受影响吗？
张文魁：当然会关注。一点儿都不影响情绪是不可能的。但是网民既然是这样，咱就不说了。咱又不靠这个吃饭。对吧？挨骂的人都不喜欢出来说。何必去说呢？没必要。在专业场合说，在公共场合就不说了。
《英才》：经济学圈子里，比较佩服谁？
张文魁：我们很多时候是坐而论道，他是身体力行。拿自己家的钱，号召其他人，一起在西部建立扶贫基金，建立希望小学。他们那代，经邦济世的思想很明显。我很喜欢庄子的思想，能入世也能出世。